Ahmed Yesevi Türbesi’nin yapımı ile ilgili bir rivayet de Türk tarihi yönünden önemli bir boyutu ortaya sermektedir. Bu rivayete göre vefatından sonra da kerametleri devam eden Ahmed Yesevi, kendisinden iki asır sonra yaşayan büyük Türk hanı Emir Timur’un rüyasına girerek Buharâ’nın fethini müjdeler.
Bu işaret üzerine Buhara üzerine sefere çıkan Emir Timur (1336-1405), zafere ulaştıktan sonra manevi bir şükran hissi ile Ahmed Yesevi’yi ziyaret için Yesi’ ye gelir. 1396 yılı Eylül’ünde Ahmed Yesevi’nin mütevazi kabrini ziyaret eden Emir Timur, yanında bulunanlardan Mevlana Abdullâh Sadrı Ahmed Yesevi’ye ait kabrin üzerine muhteşem bir türbe yapımıyla görevlendirir ve türbe yapımına ilişkin bazı ölçüleri bizzat belirler.
O dönem Türkistan’ın en ünlü mimarı Hoca Hüseyin Şirazi adlı bir mimar tarafından külliyenin inşaına başlanır. Devrin mimari şaheserlerinden olan türbenin yapımı iki yılda tamamlanır; türbe yine Emir Timur’un direktifi ile türbeye eklenen mescid, dergah, mutfak ve diğer hizmet binaları ile beraber büyük bir külliye halini alır.
Bu muazzam eserin tamamlanmasından sonra ziyarete gelen Emir Timur, Yesi kentinin yoksullarının ihtiyaçlarına sarf edilmek üzere birçok sadakada bulunur; aynca türbenin ve müştemilatındaki dergahın ihtiyaçları için de türbeyi çepeçevre kuşatan geniş bir araziyi ve Türkistan’daki sulama kanallarının gelirlerini vakfiye olarak tesbit eder.
Emir Timur’un Hoca Ahmed Yesevi’ye duyduğu saygı O’nun manevi tasarrufuna olan inancını açıkça göstermektedir. Sovyet Rus yönetimi altındaki yıllarda Türkistan’daki Ahmed Yesevi Külliyesi’ nin Türkistan’ın çeşitli yerlerinden gelen çeşitli Türk boylarından Müslümanlar nezdindeki itibarı -bu uğurda çok gayret edilmesine rağmen- yok edilememiştir. Ahmed Yesevf’nin manevi otoritesini yıkamayan Rus yönetimi O’nun türbesinin de bulunduğu külliyeyi “Kültür-park” adı altında bir müze haline getirip dini maksatlı ziyareti ve dergahta herhangi bir şekilde ibadet edilmesini yasaklamasına rağmen Türkistan Müslümanları külliyeyi asliyetine uygun olarak yaşatma azmini sürdürmüşlerdir.
Bu arada dergah içinde yer alan tarihi kıymete haiz birçok eşya da başta Leningard (yeniden Petersburg adı verilmiştir) Hermitage müzesi olmak üzere değişik müzelere dağıtılmıştır. Türbe içinde yer alan ve yedi ayrı metalin alaşımından dökülmüş olan iki ton ağırlığındaki ve üçbin litre su alma kapasitesindeki döküm kazan bizzat Stalin’in emriyle 1934 yılında götürüldüğü bir sergiden getirilmeyerek Leningrad Hermitage müzesine konmuştur.
Son dönemde Kazakistan makamlarının gayreti ile türbeye ait tarihi materyalin iadesi sağlanmış ve bu arada döküm kazan da 18 Eylül 1989 tarihinde yeniden türbedeki yerini almıştır. Son birkaç yıl içinde sağlanan kolaylıklar sonunda Ahmed Yesevi Türbesi’nin asli maksadına uygun bir ziyaretgah olarak yeniden ihyası yolunda önemli çalışmalar yapılmıştır. Bu çalışmaların önemli bir kısmını oluşturan restorasyon çalışmalarını yerine getirmeği Türkiye Cumhuriyeti Kültür Bakanlığı taahhüt etmiş ve 1993 yılı başında Vakıflar Genel Müdürlüğü restorasyon çalışmasını fiilen başlatmıştır.
